现代金融市场的种类越来越多，流通性比较好的金融市场有股票、债券、外汇、股指期货、利率、黄金、石油和其他商品期货等等。由于交易系统只需要知道金融工具的历史价格和成交额就可以建立和施行，所以从理论上讲，任何金融市场都能够用交易系统的模式进行操作。而从基本分析出发的价值投资者们往往只能成为一两个领域里的专家，如果他们专长的某个特定市场长期处于低迷不振的情况下，参与这个市场的投资者就可能束手无策了。
各个主要金融市场的关联性和非关联性是采用量化交易系统的投资者所关心的主要问题之一。众所周知，黄金与美元的价格走势基本上是相反的，代表实物货币的黄金价值在于它能抵御通货膨胀;而代表信用货币(纸币)的美元价值在于它支付的利息，纸币发行得过多是通货膨胀的主要原因之一。黄金主要是以.美元定价的，当美元汇率下降时，购买相同重量的黄金就需要更多数量的美元;当美元汇率上升时，购买相同重量的黄金就需要比较少的美元。
石油的价格走势大体上也是与美元相反的，尤其是当石油价格大幅度波动时。原因除了石油主要也是以美元定价之外，还有产油国的地缘政治因素、美元的利率政策和其他一些比较复杂的关系，在这里就不一一说明了。
利率与债券和股票也是逆向而行的，当利率上升时，以前发，行的债券的利息就不如新发行的债券的利息高，因此债券的投资者只愿意出比以前低的价格购买。而利率的升高也意味着企业债务利息费用的增加，从而降低了公司的利润率，会造成股票价格的下降。利率降低对债券和股票来说都是非常利好的消息。
在实际交易中，量化投资经理们往往希望把一个有效的交易系统应用到多个金融市场上去，利用多个市场价格走势的不关联性来进一步降低投资组合的整体风险。比如把二十周交易系统同时应用在股指期货、外汇和黄金市场上，当一个市场上升时，另外一个市场在下降中;或者当一个市场处于震荡走势时，另外一个市场正处于趋势走向中，这样交易多个市场的结果相互补充和平衡，可以使资本增值曲线更加平滑地上升。
另外一种降低风险的投资组合方法是在同一个市场里使用多!个交易系统，利用不同的交易系统的互补性来减少最大亏损幅度和增加收益率。例如，在投资沪深300指数时，除了使用长线的交易系统从趋势走向中获利之外，还可以同时使用一个中短线的从震荡走势中赢利的交易系统，两种交易系统的净收益率都是正值，无论当市场是处于震荡还是趋势过程中，都至少有一个交易系统在赚钱，去弥补另外一个交易系统的亏损。
不管是把一个有效的交易系统应用到多个金融市场上去，还是在同一个市场里使用多个交易系统，都需要重新估算投资组合的整体风险。在风险管理方面，需要回答的问题是，多个市场的组合或多个交易系统的应用是否会发生同时亏损的情况?如果可能发生的话，最大亏损幅度是多少?然后根据新的风险系数,重新设定交易系统的止损点。在资金管理方面,如果某个交易系统在特定的金融市场里风险小、收益大，那么分配给它的资金就应当多一些;反之，如果另外一个交易系统在同一个或不同的市场里的总体效果不如其他交易系统的话，那么分配给它的资金就可以少一些。
评估多个市场交易系统组合的复杂程度要比评估在单个市场应用一个交易系统大得多，需要在电脑程序中编入各种参数和变量的组合方式，然后才能做出总体的评价和判断。这种努力是值得的，从某些管理巨额资金的量化交易系统基金的每月收益率来看，在多个市场上使用交易系统组合的资本增值曲线明显要比在单个金融市场上只使用一种交易系统平滑得多，最大的优势是降低了亏损幅度，并能够迅速地收复失地，重新回到平稳上升的趋势上去。
总之，作为一个合格与负责任的基金管理人，无论管理的是自己的资金还是客户的资金，都要清楚地认识到自身任务的轻重缓急。第一责任是严格执行好风险的控制，第二责任是合理分配好资金的使用，第三责任才是把握好市场进出点的节奏。这三大责任在交易系统中的对应顺序是风险管理、资金管理和入场点的选择，无论是专业的基金管理人还是个人投资者都应当更加清醒地认识到风险管理和资金管理在投资过程中的重要性。