現代金融市場的種類越來越多，流通性比較好的金融市場有股票、債券、外匯、股指期貨、利率、黃金、石油和其他商品期貨等等。由於交易系統只需要知道金融工具的歷史價格和成交額就可以建立和施行，所以從理論上講，任何金融市場都能夠用交易系統的模式進行操作。而從基本分析出發的價值投資者們往往只能成爲一兩個領域裏的專家，如果他們專長的某個特定市場長期處於低迷不振的情況下，參與這個市場的投資者就可能束手無策了。
各個主要金融市場的關聯性和非關聯性是採用量化交易系統的投資者所關心的主要問題之一。衆所周知，黃金與美元的價格走勢基本上是相反的，代表實物貨幣的黃金價值在於它能抵禦通貨膨脹;而代表信用貨幣(紙幣)的美元價值在於它支付的利息，紙幣發行得過多是通貨膨脹的主要原因之一。黃金主要是以.美元定價的，當美元匯率下降時，購買相同重量的黃金就需要更多數量的美元;當美元匯率上升時，購買相同重量的黃金就需要比較少的美元。
石油的價格走勢大體上也是與美元相反的，尤其是當石油價格大幅度波動時。原因除了石油主要也是以美元定價之外，還有產油國的地緣政治因素、美元的利率政策和其他一些比較複雜的關係，在這裏就不一一說明了。
利率與債券和股票也是逆向而行的，當利率上升時，以前發，行的債券的利息就不如新發行的債券的利息高，因此債券的投資者只願意出比以前低的價格購買。而利率的升高也意味着企業債務利息費用的增加，從而降低了公司的利潤率，會造成股票價格的下降。利率降低對債券和股票來說都是非常利好的消息。
在實際交易中，量化投資經理們往往希望把一個有效的交易系統應用到多個金融市場上去，利用多個市場價格走勢的不關聯性來進一步降低投資組合的整體風險。比如把二十週交易系統同時應用在股指期貨、外匯和黃金市場上，當一個市場上升時，另外一個市場在下降中;或者當一個市場處於震盪走勢時，另外一個市場正處於趨勢走向中，這樣交易多個市場的結果相互補充和平衡，可以使資本增值曲線更加平滑地上升。
另外一種降低風險的投資組合方法是在同一個市場裏使用多!個交易系統，利用不同的交易系統的互補性來減少最大虧損幅度和增加收益率。例如，在投資滬深300指數時，除了使用長線的交易系統從趨勢走向中獲利之外，還可以同時使用一箇中短線的從震盪走勢中贏利的交易系統，兩種交易系統的淨收益率都是正值，無論當市場是處於震盪還是趨勢過程中，都至少有一個交易系統在賺錢，去彌補另外一個交易系統的虧損。
不管是把一個有效的交易系統應用到多個金融市場上去，還是在同一個市場裏使用多個交易系統，都需要重新估算投資組合的整體風險。在風險管理方面，需要回答的問題是，多個市場的組合或多個交易系統的應用是否會發生同時虧損的情況?如果可能發生的話，最大虧損幅度是多少?然後根據新的風險係數,重新設定交易系統的止損點。在資金管理方面,如果某個交易系統在特定的金融市場裏風險小、收益大，那麼分配給它的資金就應當多一些;反之，如果另外一個交易系統在同一個或不同的市場裏的總體效果不如其他交易系統的話，那麼分配給它的資金就可以少一些。
評估多個市場交易系統組合的複雜程度要比評估在單個市場應用一個交易系統大得多，需要在電腦程序中編入各種參數和變量的組合方式，然後才能做出總體的評價和判斷。這種努力是值得的，從某些管理鉅額資金的量化交易系統基金的每月收益率來看，在多個市場上使用交易系統組合的資本增值曲線明顯要比在單個金融市場上只使用一種交易系統平滑得多，最大的優勢是降低了虧損幅度，並能夠迅速地收復失地，重新回到平穩上升的趨勢上去。
總之，作爲一個合格與負責任的基金管理人，無論管理的是自己的資金還是客戶的資金，都要清楚地認識到自身任務的輕重緩急。第一責任是嚴格執行好風險的控制，第二責任是合理分配好資金的使用，第三責任纔是把握好市場進出點的節奏。這三大責任在交易系統中的對應順序是風險管理、資金管理和入場點的選擇，無論是專業的基金管理人還是個人投資者都應當更加清醒地認識到風險管理和資金管理在投資過程中的重要性。