1.业务越简单、增长越平稳、现金流量越稳定的公司，现金流量折现模型的预测就会越准确。有的公司各项指标波动性非常大，需要进行数字平滑处理，这样也会对评估的准确性产生较大的误差。有的公司的利润和现金流量根本没有什么规律，时正时负，现金流量这些模型是很难进行预估的，即使预估，其可信度也很低。
2.现金流量折现法估价的基石是未来的自由现金流量和折现率。但它的使用有一定的假设条件。
1. 企业面对的资本市场是有效的，资产价格与资产的内在价值相匹配。
2. 企业面对的市场是稳定的，可以利用科学有效的预测方法对当前支出进行预测，并且得到的结果是实际的反映。
3. 企业能够无限地延续经营下去，经营期间，企业的投融资决策具有不可逆性。
4. 投资者都是理性的，可以获得真实有效的公开信息，并借此作出理性的投资决策。
这些假设条件与现实生活中的企业存在一定的差距，因此在计算现金流量折现值时存在较大的主观性，该估值的准确度与分析者的能力和经验有较大的关系。
3.现金流量折现模型相对较复杂。比如前面讲到的PEG估值法就比现金流量折现模型简单。因此，投资者在使用现金流量折现模型时，需要有一定的财务基础知识，方能较准确地计算和使用。
4.现金流量折现法在一些发达国家已经被普遍使用，有较好的社会和行业基础，但该方法在我国还处于发展之中，因此该评估模型在使用时会受到一定的限制。
现金流量折现法的基础是会计数据的完善和真实，只有当会计制度健全，信息披露能够较为真实地反映企业的过去和现状时，对未来的预测才会有效，现金流量折现模型才能发挥出巨大的作用，而我国现行的企业会计制度很难准确地做到这一点。
不过随着我国会计制度的不断完善和对上市公司的监管越来越细化，现金流量折现方法会逐步被广大投资者了解和使用。
现金流量折现法的不足。
1. 很难预测自由现金流量的动态变化。企业自由现金流量的变化较大，特别是那些还没有稳定下来的公司，而自由现金流量是该评估模型中的核心，因此，在该模型中只能假设企业的自由现金流量在原有的成长性下的情况，无法动态跟踪这种变化，这也是许多评估模型都面临的难点。
2. 确定合理的折现率存在一定难度。目前的评估方法对折现率的选取一般是在企业资金成本的基础上，考虑财务风险因素选取的。在具体评估企业价值时，一般会以静止的方法确定折算率，以目前资本结构下的折现率进行企业价值评估，折现率是固定的。但是在实际中，由于企业经营活动发生变化，企业的资本结构必然处于变化之中，导致企业风险出现变化，进而影响到资本结构中各项资金来源的权重，导致折现率出现波动，从而引起企业价值评估结果发生变化。
6.现金流量折现法会受到分析者的主观因素影响。虽然现金流量折现法的数据来源于企业的各项财务数据，但在一些数据的选择上，还是与分析者的经验和态度有一定的关系，比如对风险的理解和确认等，会直接影响折现率的高低。
在对现金流量的动态波动性处理上，也会受到主观因素的干扰。
因此，分析者在使用现金流量折现模型时，需要慎重对待和选择相关数据的取值，因为它直接影响评估结果是否客观和准确。影响到评估价值的高低，进而影响投资决策。