1.業務越簡單、增長越平穩、現金流量越穩定的公司，現金流量折現模型的預測就會越準確。有的公司各項指標波動性非常大，需要進行數字平滑處理，這樣也會對評估的準確性產生較大的誤差。有的公司的利潤和現金流量根本沒有什麼規律，時正時負，現金流量這些模型是很難進行預估的，即使預估，其可信度也很低。
2.現金流量折現法估價的基石是未來的自由現金流量和折現率。但它的使用有一定的假設條件。
1. 企業面對的資本市場是有效的，資產價格與資產的內在價值相匹配。
2. 企業面對的市場是穩定的，可以利用科學有效的預測方法對當前支出進行預測，並且得到的結果是實際的反映。
3. 企業能夠無限地延續經營下去，經營期間，企業的投融資決策具有不可逆性。
4. 投資者都是理性的，可以獲得真實有效的公開信息，並藉此作出理性的投資決策。
這些假設條件與現實生活中的企業存在一定的差距，因此在計算現金流量折現值時存在較大的主觀性，該估值的準確度與分析者的能力和經驗有較大的關係。
3.現金流量折現模型相對較複雜。比如前面講到的PEG估值法就比現金流量折現模型簡單。因此，投資者在使用現金流量折現模型時，需要有一定的財務基礎知識，方能較準確地計算和使用。
4.現金流量折現法在一些發達國家已經被普遍使用，有較好的社會和行業基礎，但該方法在我國還處於發展之中，因此該評估模型在使用時會受到一定的限制。
現金流量折現法的基礎是會計數據的完善和真實，只有當會計制度健全，信息披露能夠較爲真實地反映企業的過去和現狀時，對未來的預測纔會有效，現金流量折現模型才能發揮出巨大的作用，而我國現行的企業會計制度很難準確地做到這一點。
不過隨着我國會計制度的不斷完善和對上市公司的監管越來越細化，現金流量折現方法會逐步被廣大投資者瞭解和使用。
現金流量折現法的不足。
1. 很難預測自由現金流量的動態變化。企業自由現金流量的變化較大，特別是那些還沒有穩定下來的公司，而自由現金流量是該評估模型中的核心，因此，在該模型中只能假設企業的自由現金流量在原有的成長性下的情況，無法動態跟蹤這種變化，這也是許多評估模型都面臨的難點。
2. 確定合理的折現率存在一定難度。目前的評估方法對摺現率的選取一般是在企業資金成本的基礎上，考慮財務風險因素選取的。在具體評估企業價值時，一般會以靜止的方法確定折算率，以目前資本結構下的折現率進行企業價值評估，折現率是固定的。但是在實際中，由於企業經營活動發生變化，企業的資本結構必然處於變化之中，導致企業風險出現變化，進而影響到資本結構中各項資金來源的權重，導致折現率出現波動，從而引起企業價值評估結果發生變化。
6.現金流量折現法會受到分析者的主觀因素影響。雖然現金流量折現法的數據來源於企業的各項財務數據，但在一些數據的選擇上，還是與分析者的經驗和態度有一定的關係，比如對風險的理解和確認等，會直接影響折現率的高低。
在對現金流量的動態波動性處理上，也會受到主觀因素的干擾。
因此，分析者在使用現金流量折現模型時，需要慎重對待和選擇相關數據的取值，因爲它直接影響評估結果是否客觀和準確。影響到評估價值的高低，進而影響投資決策。