在实际投资分析中，投资者不可能对几千家上市公司分别进行自由现金流量的计算，如果采用更加复杂的计算方式，对于一般普通投资者是不可能的事情。因此，投资者可以先利用股票交易系统对那些公布的指标进行筛选，比如市盈率、市净率、净资产收益率等，或者利用技术分析方法寻找潜在投资对象，然后根据投资者的风险偏好，利用自由现金流量对以上备选股进行评估。
在对自由现金流量进行分析时，可以注意以下几点。
1.自由现金流量是辨别企业盈利真实性的良好指标，特别是对那些有较高收益率的公司。自由现金流量缺乏，甚至持续为负值，那么这种公司的盈利可能存在“肥皂泡”的现象，如果股价高企，投资者一定要谨慎。
上市公司利用非营业活动提高净利润，通过虚假销售、提前确认销售或有意扩大赊销范围调整利润总额，对已经发生的费用或损失推迟确认以及利用关联交易调整利润，使得与净收益或利润总额有关的指标表现企业真实盈利能力存在严重缺陷。这些指标中包含了与企业正常经营无关的、缺乏稳定性的一次性收益内容，这些项目随时会由于企业达到目的而消失。用这些指标评价企业，将给投资者带来巨大的风险。
美国安然公司破产事件曾经轰动世界，这是发生在资本市场最成熟、会计准则最完善的美国。安然公司采用人为操纵利润的手段，仅靠会计盈利数字就欺骗了广大投资者。在安然宣布破产前两个季度，其季报还显示公司盈利4.23亿美元，可现金流量为-5.27亿美元。
2.价值投资者需要关注那些既有较稳定收益的公司，如销售毛利率、净资产收益率，或每股收益率等指标表现较好的，且拥有较稳定的自由现金流量的公司。因为收益率等指标反映企业的整体盈利能力，自由现金流量又证实了这些盈利的质量，且有持续发展的空间，这样的公司虽然在股价表现上没有那些成长型公司幅度变化大，但安全边际较高，收益相对稳定，并且未来的预期较确定。
比如讲解自由现金流量计算演示时提到的恒瑞医药(600276)，该公司的自由现金流量6年来稳定在较好的水准，销售毛利率基本保持在80%的较好水平，净资产年增长也在30%左右，虽然市盈率达到37倍，有些偏高，不过对于一家稳定发展的生物制药公司，这种市盈率仍属于合理范围。如下表所示。
再看该公司在二级市场中股价的长期表现。
上图是恒瑞医药2006年1月至2012年4月的月K线走势图。从图中可以看到，公司股价长期保持较稳定的上涨趋势，并且坚持每年给股东进行分红派息。
这些指标都可以显示企业处于成熟的发展期，因此，稳健的价值投资者可以选择这样的股票作为投资对象。
3.激进的投资者可以关注自由现金流处于负值，且上市公司不是属于夕阳行业，企业处于快速成长时期的公司。因为这些公司利用自身产生的现金不足以满足扩大再生产，还需要继续筹资用以购建扩大再生产的固定资产、无形资产和其他长期资产所支付的现金等。而且这些公司的项目并非是夕阳行业，说明企业经营者有进取心，希望能发展壮大企业。这样的公司虽然未来仍然存在一定的不确定性，但发展趋势是好的，股价也会随着公司快速增长而走出黑马或白马行情。
4.投资者也可以利用自由现金流量来判断那些有着并购题材的公司。如果分析对象的经营业绩非常一般，却有着非常丰富的自由现金流量，这会增加该公司被收购题材的真实性。对涉及并购的公司，至少要解决两个重要间题，一是并购是否会产生协同效应，协同效应的价值是否可以估计。如果可单独估计，应将其单独估计，但这种估计极为主观。其次，公司管理层变动对公司现金流量和风险的影响。在敌意并购导致的目标公司里的管理层人员大范围离职时，尤其应注意其影响。
5.在对股票价值评估和预测时，自由现金流量折现值模型有广泛的使用和实用价值。现金流量折现值是对企业未来某一时间的企业价值或股价评估预测的重要方式，自由现金流量则是这样评估方式的核心内容，这一点在后面具体介绍。