在實際投資分析中，投資者不可能對幾千家上市公司分別進行自由現金流量的計算，如果採用更加複雜的計算方式，對於一般普通投資者是不可能的事情。因此，投資者可以先利用股票交易系統對那些公佈的指標進行篩選，比如市盈率、市淨率、淨資產收益率等，或者利用技術分析方法尋找潛在投資對象，然後根據投資者的風險偏好，利用自由現金流量對以上備選股進行評估。
在對自由現金流量進行分析時，可以注意以下幾點。
1.自由現金流量是辨別企業盈利真實性的良好指標，特別是對那些有較高收益率的公司。自由現金流量缺乏，甚至持續爲負值，那麼這種公司的盈利可能存在“肥皂泡”的現象，如果股價高企，投資者一定要謹慎。
上市公司利用非營業活動提高淨利潤，通過虛假銷售、提前確認銷售或有意擴大賒銷範圍調整利潤總額，對已經發生的費用或損失推遲確認以及利用關聯交易調整利潤，使得與淨收益或利潤總額有關的指標表現企業真實盈利能力存在嚴重缺陷。這些指標中包含了與企業正常經營無關的、缺乏穩定性的一次性收益內容，這些項目隨時會由於企業達到目的而消失。用這些指標評價企業，將給投資者帶來巨大的風險。
美國安然公司破產事件曾經轟動世界，這是發生在資本市場最成熟、會計準則最完善的美國。安然公司採用人爲操縱利潤的手段，僅靠會計盈利數字就欺騙了廣大投資者。在安然宣佈破產前兩個季度，其季報還顯示公司盈利4.23億美元，可現金流量爲-5.27億美元。
2.價值投資者需要關注那些既有較穩定收益的公司，如銷售毛利率、淨資產收益率，或每股收益率等指標表現較好的，且擁有較穩定的自由現金流量的公司。因爲收益率等指標反映企業的整體盈利能力，自由現金流量又證實了這些盈利的質量，且有持續發展的空間，這樣的公司雖然在股價表現上沒有那些成長型公司幅度變化大，但安全邊際較高，收益相對穩定，並且未來的預期較確定。
比如講解自由現金流量計算演示時提到的恆瑞醫藥(600276)，該公司的自由現金流量6年來穩定在較好的水準，銷售毛利率基本保持在80%的較好水平，淨資產年增長也在30%左右，雖然市盈率達到37倍，有些偏高，不過對於一家穩定發展的生物製藥公司，這種市盈率仍屬於合理範圍。如下表所示。
再看該公司在二級市場中股價的長期表現。
上圖是恆瑞醫藥2006年1月至2012年4月的月K線走勢圖。從圖中可以看到，公司股價長期保持較穩定的上漲趨勢，並且堅持每年給股東進行分紅派息。
這些指標都可以顯示企業處於成熟的發展期，因此，穩健的價值投資者可以選擇這樣的股票作爲投資對象。
3.激進的投資者可以關注自由現金流處於負值，且上市公司不是屬於夕陽行業，企業處於快速成長時期的公司。因爲這些公司利用自身產生的現金不足以滿足擴大再生產，還需要繼續籌資用以購建擴大再生產的固定資產、無形資產和其他長期資產所支付的現金等。而且這些公司的項目並非是夕陽行業，說明企業經營者有進取心，希望能發展壯大企業。這樣的公司雖然未來仍然存在一定的不確定性，但發展趨勢是好的，股價也會隨着公司快速增長而走出黑馬或白馬行情。
4.投資者也可以利用自由現金流量來判斷那些有着併購題材的公司。如果分析對象的經營業績非常一般，卻有着非常豐富的自由現金流量，這會增加該公司被收購題材的真實性。對涉及併購的公司，至少要解決兩個重要間題，一是併購是否會產生協同效應，協同效應的價值是否可以估計。如果可單獨估計，應將其單獨估計，但這種估計極爲主觀。其次，公司管理層變動對公司現金流量和風險的影響。在敵意併購導致的目標公司裏的管理層人員大範圍離職時，尤其應注意其影響。
5.在對股票價值評估和預測時，自由現金流量折現值模型有廣泛的使用和實用價值。現金流量折現值是對企業未來某一時間的企業價值或股價評估預測的重要方式，自由現金流量則是這樣評估方式的核心內容，這一點在後面具體介紹。