成本中的交易所费用与税收在实际交易之前即已商定
交易所匹配不同经纪自营商或者电子通信网络提交的指令并因其服务收取一定的费用。所有交易所的核心产品都是交易者想在交易所成交的买入指令存货和卖出指令存货。为了吸引流动性，交易所向消耗流动性的指令收取较高的费用，而向提供流动性的指令收取较低的费用。有些交易所在此方向走得更远，它们对提供流动的交易者进行补偿，而向消耗流动性的交易者收取费用。
流动性来自未成交的限价指令，不论是低于目前卖价的买入指令，还是高于目前买价的卖出指令都能提供流动性。另一方面，市价指令会立即与交易所可获得的最优限价指令匹配成交，从而消耗了流动性。限价指令也可能会消耗流动性，一个限价等于或高于市场卖价的买入限价指令会立即和最优可获得限价卖出指令匹配成交，因此减少了交易所中卖出限价指令的个数。同样，一个限价等于或低于市场买价的卖出限价指令会和市价指令一样，立即与可获得最优买入限价指令匹配成交。
与经纪商佣金类似，交易所费用也是在实际交易之前就商定了的。
本杰明·富兰克林说过:“世界上没有什么事是确定的，除了死亡和纳税。”高频交易所在地的有关当局会按照交易的净收益来收税。高频交易产生的短期收益常常要按全额税率来纳税，不像投资时间在一年或一年以上的交易在很多地方可以享受资本增值减税优惠。一个经过认证的或者有相关执照的当地会计师应该能提供很多有关税率的有用信息。适当的税率是在交易行为之前就确定了的。