首先，对投资者完全理性的假设很难成立。与理性假设不同，现实世界的人其实是有限理性的。例如，①投资者对风险的偏好特性并非总是风险中立，而更多的是风险厌恶或风险喜好；②证券市场上并非信息成本为零以及所有市场参与者同时接受信息，而是存在着信息不对称和噪声交易；③投资者并非总能对未来形成正确预期并利用信息做出合理判断，而总是过分相信自己的判断，总是根据其对以前决策结果的盈亏状况的主观判断进行新的决策，对损失总是过分高估，等等；④投资者并非总是追求主观期望效用最大化和寻求线性、无偏的最优解，而他们的决策偏好是多样的、可变的，且经常在决策过程中才形成；他们的决策过程是应变性的，。常常根据决策的性质和决策环境的不同选择决策程序或技术；他们根据主观期望收益水平的心理标准追求满意方案但不一定是最优方案，因而往往出现短视最大化和保守主义现象。
其次，投资者的随机交易使得非理性交易者对市场不形成影响的假设有偏差。Kahneman和Riepe（1998）的研究表明，投资者对理性决策的偏差是系统性的，且不能通过统计平均而消除。许多投资者倾向于在相同时间买卖相同的证券。如果噪声交易者通过制造虚假信息或者跟从他人的决策而决策时，这种状况将更加严重。投资者情绪实际上反映许多共同判断错误。
个人投资者不是唯一的非理性投资者。在西方成熟证券市场上，大量的资金由代表个人投资者和公司的共同基金、养老基金的专业管理人员控制。他们同样会产生个人投资者可能出现的误差。同时，他们又是管理他人资金的代理人员，这种授权实际上带来了决策中更大的偏差。Falkenstein（1996）指出，专业管理人员可能选择与他们的评估业绩标准相一致的资产以减少比标准低的风险；同时他们也倾向于选择其他管理人员所选择的资产以避免落后；在年末时，他们会不约而同地买入最近业绩好和抛掉业绩差的股票以使得基金的业绩看上去好一些。但是这些决策实际上偏离了资产价值的最大化，只是一种“装扮”。这时，基金的行为偏差实际上也是具有系统性和群体性的。
再次，EMH基于套期保值的有效市场的这最后一道防线也是有漏洞的。如果套期保值能够抵消非理性投资者的偏差，市场依然有效。但实际上市场的套期保值是有限的和有风险的。套期保值的有效性取决于是否存在近似的替代资产。一般而言，金融衍生资产（如期货、期权）可以获得近似替代资产，但是许多资产并没有替代资产（例如当市场作为一个整体被高估时，套期保值者就不能卖空整个市场组合而购买一个替代资产组合）。这时套期保值不能保持价格水平，在资产价格发生偏差时，对套期保值者而言不存在无风险的套利策略，他们将价格保持在内有价值附近的能力也受到了限制。
即使存在完全替代资产，套期保值者还面临来自未来资产价格的不确定性所产生的风险。资产价格偏差在最终消失前，未来可能更加偏离其内在价值：价格偏高的更加上升，价格偏低的更加下降。虽然最终资产价格收敛到其内在价值的概率为1，但套期保值者至少面临着短期的损失。如果套期保值者能够在损失中保持头寸，他最终将获得收益，但是如果他不能坚持下来，这时套期保值者的获利能力受到了限制。最后，EMH的最终结论：整个市场完全竞争，非理性投资者终将被逐出市场，并不是绝对成立的。
De Long.（1990）等人的研究结果发现：只有满足诸如人们何时能够知道资产的真实内在价值、没有那么多不理性的投资者以及在长时间内可以无成本卖空等条件，市场才能完全由理性投资者主宰。但是，在实际中这些条件并不能得到满足：人们并不知道何时能够知道证券的真实内在价值；人们不能长时间无成本卖空；投资者的投资期间能否持续到其了解该证券的真实内在价值是不确定的，证券市场上从事卖空活动的不一定都是理性投资者。他们的研究还表明，在某些情况下，理性投资者的收益低于非理性投资者的收益。如果把“理性”看作一个选择过程，而不论人们的决策是否理性，投资者能够生存下来本身就证明了他们的决策是“理性”的。另外，由于淘汰过程本身是较为缓慢的，因此，即使非理性的投资者得到的收益确实较低，他们仍然可以在一段时间内影响证券的价格。