首先，對投資者完全理性的假設很難成立。與理性假設不同，現實世界的人其實是有限理性的。例如，①投資者對風險的偏好特性並非總是風險中立，而更多的是風險厭惡或風險喜好；②證券市場上並非信息成本爲零以及所有市場參與者同時接受信息，而是存在着信息不對稱和噪聲交易；③投資者並非總能對未來形成正確預期並利用信息做出合理判斷，而總是過分相信自己的判斷，總是根據其對以前決策結果的盈虧狀況的主觀判斷進行新的決策，對損失總是過分高估，等等；④投資者並非總是追求主觀期望效用最大化和尋求線性、無偏的最優解，而他們的決策偏好是多樣的、可變的，且經常在決策過程中才形成；他們的決策過程是應變性的，。常常根據決策的性質和決策環境的不同選擇決策程序或技術；他們根據主觀期望收益水平的心理標準追求滿意方案但不一定是最優方案，因而往往出現短視最大化和保守主義現象。
其次，投資者的隨機交易使得非理性交易者對市場不形成影響的假設有偏差。Kahneman和Riepe（1998）的研究表明，投資者對理性決策的偏差是系統性的，且不能通過統計平均而消除。許多投資者傾向於在相同時間買賣相同的證券。如果噪聲交易者通過製造虛假信息或者跟從他人的決策而決策時，這種狀況將更加嚴重。投資者情緒實際上反映許多共同判斷錯誤。
個人投資者不是唯一的非理性投資者。在西方成熟證券市場上，大量的資金由代表個人投資者和公司的共同基金、養老基金的專業管理人員控制。他們同樣會產生個人投資者可能出現的誤差。同時，他們又是管理他人資金的代理人員，這種授權實際上帶來了決策中更大的偏差。Falkenstein（1996）指出，專業管理人員可能選擇與他們的評估業績標準相一致的資產以減少比標準低的風險；同時他們也傾向於選擇其他管理人員所選擇的資產以避免落後；在年末時，他們會不約而同地買入最近業績好和拋掉業績差的股票以使得基金的業績看上去好一些。但是這些決策實際上偏離了資產價值的最大化，只是一種“裝扮”。這時，基金的行爲偏差實際上也是具有系統性和羣體性的。
再次，EMH基於套期保值的有效市場的這最後一道防線也是有漏洞的。如果套期保值能夠抵消非理性投資者的偏差，市場依然有效。但實際上市場的套期保值是有限的和有風險的。套期保值的有效性取決於是否存在近似的替代資產。一般而言，金融衍生資產（如期貨、期權）可以獲得近似替代資產，但是許多資產並沒有替代資產（例如當市場作爲一個整體被高估時，套期保值者就不能賣空整個市場組合而購買一個替代資產組合）。這時套期保值不能保持價格水平，在資產價格發生偏差時，對套期保值者而言不存在無風險的套利策略，他們將價格保持在內有價值附近的能力也受到了限制。
即使存在完全替代資產，套期保值者還面臨來自未來資產價格的不確定性所產生的風險。資產價格偏差在最終消失前，未來可能更加偏離其內在價值：價格偏高的更加上升，價格偏低的更加下降。雖然最終資產價格收斂到其內在價值的概率爲1，但套期保值者至少面臨着短期的損失。如果套期保值者能夠在損失中保持頭寸，他最終將獲得收益，但是如果他不能堅持下來，這時套期保值者的獲利能力受到了限制。最後，EMH的最終結論：整個市場完全競爭，非理性投資者終將被逐出市場，並不是絕對成立的。
De Long.（1990）等人的研究結果發現：只有滿足諸如人們何時能夠知道資產的真實內在價值、沒有那麼多不理性的投資者以及在長時間內可以無成本賣空等條件，市場才能完全由理性投資者主宰。但是，在實際中這些條件並不能得到滿足：人們並不知道何時能夠知道證券的真實內在價值；人們不能長時間無成本賣空；投資者的投資期間能否持續到其瞭解該證券的真實內在價值是不確定的，證券市場上從事賣空活動的不一定都是理性投資者。他們的研究還表明，在某些情況下，理性投資者的收益低於非理性投資者的收益。如果把“理性”看作一個選擇過程，而不論人們的決策是否理性，投資者能夠生存下來本身就證明了他們的決策是“理性”的。另外，由於淘汰過程本身是較爲緩慢的，因此，即使非理性的投資者得到的收益確實較低，他們仍然可以在一段時間內影響證券的價格。