在市场信息有效性不断获得支持性证据的同时，学者们也发现了一些证券市场的特异现象，它们似乎与市场有效性假设相冲突。下面列举的是一些主要的证券市场的特异现象。
（1）价值效应
历史上，投资者往往错误地高估了成长型公司的股票价值，而低估了价值型公司的股票价值。研究结果发现：价值型股票风险较低，而成长型股票风险最高；低净资产倍率股票、低价格收入比股票、低市盈率股票均相应地比高净资产倍率股票、高价格收入比股票、高市盈率股票的业绩好，甚至比市场组合股票的业绩要好。
（2）特定时间效应
特定时间效应是指在某些特定时间内进行股票交易可以获得超额收益。
常见的形式有：
一月效应。研究表明，股票，尤其是小规模股票，在历史上的一月份都产生过不正常的高额回报。
月份交替效应。研究表明，股票一贯在每月的最后一天和开始四天有更高的回报。
周日效应。它是指一周内各个交易日收益和风险的不均匀现象。对美国证券市场的研究表明，周一和周五两天的股票收益率与其他日显著不同，周一偏低，周五偏高。中国香港股枣周一的收益率亦显著小于零。而日本和澳大利亚股市都是周三的收益率在各交易日中最低，并且为负。但卢森堡股市在周三的收益率却为最高。
（3）规模效应
实证研究表明，在美国及国外证券市场上，小公司股票的表现要比大公司的股票表现好。
（4）控制权转移效应
国内外的学者研究发现：兼并收购中目标公司的股东能够获得较高的超额收益率；大宗股权转让公告的前后股价会有较大幅度的上涨。
面对上述种种困惑，学者们将注意力从市场有效性理论本身转向了该理论的前提条件和理论基础。