系统交易是指由计算机驱动的交易,其持仓时间可能是一个月、一天或一分钟,因此系统交易可能是也可能不是高频交易。一个系统交易的例子是某个计算机程序每天、每周甚至每个月运行一次,程序接收每日的收盘价数据,并输出资产配置信号,下达买卖指令。这样的系统便不是高频交易系统。
真正的高频交易系统需要在交易中做出全方位的决策,从找出价格被低估或高估的证券到优化资产配置,再到交易指令执行的最优化。高频交易的与众不同之处是持仓时间短哲,一般为一天或更短,通常不隔夜持仓。由于高频交易迅速执行的特点,大多数高频交易系统是完全系统化的,并且可以看成是系统交易和算法交易的实际例子。然而,并非所有的系统化交易和算法交易平台都是高频的。
对于一种证券,能够通过算法执行交易指令是进行高频交易的前提条件。有一些市场现在还不适合高频交易,因为这些市场的大部分交易都是场外交易(over the counter, OTC), Aite集团的一项研究表明,股票是使用算法执行最多的金融产品,预计到2010年,超过50%的股票交易量都将通过算法执行交易。但在外汇、期权及固定收益产品中,算法执行的应用就没有那么广泛了。尚定收益类证券中,算法执行应用上的滞后是由于这些证券电子交易发展缓慢造成的,很多固定收益产品是在场外市场交易的,因此难以同步进行。