系統交易是指由計算機驅動的交易,其持倉時間可能是一個月、一天或一分鐘,因此係統交易可能是也可能不是高頻交易。一個系統交易的例子是某個計算機程序每天、每週甚至每個月運行一次,程序接收每日的收盤價數據,並輸出資產配置信號,下達買賣指令。這樣的系統便不是高頻交易系統。
真正的高頻交易系統需要在交易中做出全方位的決策,從找出價格被低估或高估的證券到優化資產配置,再到交易指令執行的最優化。高頻交易的與衆不同之處是持倉時間短哲,一般爲一天或更短,通常不隔夜持倉。由於高頻交易迅速執行的特點,大多數高頻交易系統是完全系統化的,並且可以看成是系統交易和算法交易的實際例子。然而,並非所有的系統化交易和算法交易平臺都是高頻的。
對於一種證券,能夠通過算法執行交易指令是進行高頻交易的前提條件。有一些市場現在還不適合高頻交易,因爲這些市場的大部分交易都是場外交易(over the counter, OTC), Aite集團的一項研究表明,股票是使用算法執行最多的金融產品,預計到2010年,超過50%的股票交易量都將通過算法執行交易。但在外匯、期權及固定收益產品中,算法執行的應用就沒有那麼廣泛了。尚定收益類證券中,算法執行應用上的滯後是由於這些證券電子交易發展緩慢造成的,很多固定收益產品是在場外市場交易的,因此難以同步進行。