替代交易系统的另一种形式是暗池。暗池这个词听起来的感觉如果不是邪恶的话至少也是神秘的。和高频交易一样，暗池交易也是很多人关注的对象。
最初，设立暗池机制是为了消除当机构投资者进行大宗交易时对价格产生的负面影响。当面临单边的大宗交易指令时，即使是流动性非常好的股票的价格也会受到显著的影响。暗池将一个执行不平衡交易的一方与另一方相匹配。这种匹配将大宗交易的影响最小化，从而降低了市场的波动性。通过这种方式，暗池为大宗交易订单提供了一个流动性的来源，若非如此，这些大宗交易就有可能会加大市场的波动。将市场中的大宗交易订单流在买方和卖方之间进行配对并非什么新鲜事。这个职责在历史上一般由场内经纪商来承担，他们负责将买方和卖方撮合到一起。
暗池之所以被认为是“暗”的，是因为它能保护参与交易的买方和卖方的身份不为外界所知，并保护交易者的交易意图不为外界所知。之所以能做到这一点，是因为暗池交易不会将有交易意向的投资者的叫买价或叫卖价提供给证券买卖数据汇录带。这一点很重要，因为如果其他市场参与者获悉某个大机构在买入或卖出某只股票，他们就可以乘势而为，借机盈利。
根据替代交易系统的规则，暗池可以为市场参与者提供更多的保护，因为在替代交易系统交易的股票如果占该股票总成交量的比例小于5%，则交易情况的披露要求就比交易所宽松，符合要求的暗池交易不需要报告交易意愿或交易指令的情况，因此暗池交易的参与者可以不让公众知道他们的交易指令和交易的数额，这显然是对他们有利的。在暗池交易中，尽管参与者的交易指令不用向公众披露，但成交的结果还是需要披露的。暗池交易也必须遵守证券买卖数据汇录带的要求，也就是说，成交价必须是在最高的叫买价和最低的叫卖价之间进行撮合，同时成交的价格和成交量也必须在成交后90秒内报告，暗池可以隐藏的是这些交易的成交双方源自何处。暗池交易的交易数据会提交给两个报告管理机构（Trade ReportingFacilities）之一，其中的一个由纽约证券交易所管理，另一个由纳斯达克管理。根据上市公司挂牌所在的交易所不同，分别将数据提交数据汇录带A（在纽约证券交易所挂牌）、数据汇录带B（在纽约证券交易所AmexW场和高增板市场挂牌）或数据汇录带C（纳斯达克挂牌）。按照规定，这些在暗池完成的交易不用报告交易双方的身份。这个规定有别于在一般的证券交易所正常交易的股票，后者报告的数据必须包括交易双方的情况。据估计，暗池成交量占柜台交易数据汇录带成交量的15%，占整个市场成交量的10%。
尽管暗池是为了给大的机构交易者的交易提供流动性而设立的，实际的运作过程可能已偏离了这个初衷。暗池交易已对所有类型的交易指令开放，包括那些高频交易者。目前，很多暗池被高频交易者用做实现其交易策略的工具。今天，大多数暗池交易指令的平均成交量并不比在交易所里进行交易的普通指令高。
暗池交易