替代交易系統的另一種形式是暗池。暗池這個詞聽起來的感覺如果不是邪惡的話至少也是神祕的。和高頻交易一樣，暗池交易也是很多人關注的對象。
最初，設立暗池機制是爲了消除當機構投資者進行大宗交易時對價格產生的負面影響。當面臨單邊的大宗交易指令時，即使是流動性非常好的股票的價格也會受到顯著的影響。暗池將一個執行不平衡交易的一方與另一方相匹配。這種匹配將大宗交易的影響最小化，從而降低了市場的波動性。通過這種方式，暗池爲大宗交易訂單提供了一個流動性的來源，若非如此，這些大宗交易就有可能會加大市場的波動。將市場中的大宗交易訂單流在買方和賣方之間進行配對並非什麼新鮮事。這個職責在歷史上一般由場內經紀商來承擔，他們負責將買方和賣方撮合到一起。
暗池之所以被認爲是“暗”的，是因爲它能保護參與交易的買方和賣方的身份不爲外界所知，並保護交易者的交易意圖不爲外界所知。之所以能做到這一點，是因爲暗池交易不會將有交易意向的投資者的叫買價或叫賣價提供給證券買賣數據匯錄帶。這一點很重要，因爲如果其他市場參與者獲悉某個大機構在買入或賣出某隻股票，他們就可以乘勢而爲，藉機盈利。
根據替代交易系統的規則，暗池可以爲市場參與者提供更多的保護，因爲在替代交易系統交易的股票如果佔該股票總成交量的比例小於5%，則交易情況的披露要求就比交易所寬鬆，符合要求的暗池交易不需要報告交易意願或交易指令的情況，因此暗池交易的參與者可以不讓公衆知道他們的交易指令和交易的數額，這顯然是對他們有利的。在暗池交易中，儘管參與者的交易指令不用向公衆披露，但成交的結果還是需要披露的。暗池交易也必須遵守證券買賣數據匯錄帶的要求，也就是說，成交價必須是在最高的叫買價和最低的叫賣價之間進行撮合，同時成交的價格和成交量也必須在成交後90秒內報告，暗池可以隱藏的是這些交易的成交雙方源自何處。暗池交易的交易數據會提交給兩個報告管理機構（Trade ReportingFacilities）之一，其中的一個由紐約證券交易所管理，另一個由納斯達克管理。根據上市公司掛牌所在的交易所不同，分別將數據提交數據匯錄帶A（在紐約證券交易所掛牌）、數據匯錄帶B（在紐約證券交易所AmexW場和高增板市場掛牌）或數據匯錄帶C（納斯達克掛牌）。按照規定，這些在暗池完成的交易不用報告交易雙方的身份。這個規定有別於在一般的證券交易所正常交易的股票，後者報告的數據必須包括交易雙方的情況。據估計，暗池成交量佔櫃檯交易數據匯錄帶成交量的15%，佔整個市場成交量的10%。
儘管暗池是爲了給大的機構交易者的交易提供流動性而設立的，實際的運作過程可能已偏離了這個初衷。暗池交易已對所有類型的交易指令開放，包括那些高頻交易者。目前，很多暗池被高頻交易者用做實現其交易策略的工具。今天，大多數暗池交易指令的平均成交量並不比在交易所裏進行交易的普通指令高。
暗池交易