對首次接觸真正的交易系統的人來說，一般會有一些認識上的誤區。
我們總結爲如下幾點:
誤區一交易系統就是電腦程序
這種認爲交易系統是電腦程序的看法，其實是指交易系統的程序化。交易系統是一整套交易計劃、策略、方法。人工手動完全可以執行。如果把交易系統編成程序代碼，通過電腦來執行，那麼就是程序化交易。程序化交易是以系統交易爲前提的。但並不是說交易系統一定要由電腦來自動執行。電腦可以代替人重複執行交易系統，電腦是比人工更有效率的執行方法而已。
交易系統的程序化是系統化交易中的更高階段。一般是比較專業的交易者或投資機構會用到程序化交易。比如，期貨中有一些短線交易系統可以非常頻繁地以每秒幾次的頻率發出交易指令，這個速度就不是人腦和人工所能企及的了。但對於普通交易者來說，有些中長線交易系統可能會相隔很久纔會發出交易信號，這就不一定需要自動交易了。
使用電腦確實可以極大地改善交易系統運行效率，可以及時地將系統製作者的思想體現出來。而且，將交易系統放到電腦上，由電腦給出各個信號，這樣的信號更加客觀，可以促使交易者更好地執行交易系統，避免人爲情緒的波動對投資產生影響。在交易系統建立好了以後，有能力的交易者可以嘗試交易系統的程序化。
誤區二指標就是交易系統
在網上經常看到有人聲稱發現了一個如何好的指標，好像用了這個指標就能賺錢一樣。首先要說的是，指標沒有好壞之分，只有用的好壞之分，我們一再提到，指標只是工具，而運用工具的人才是關鍵。絕大多數的指標都是由價格的不同算法演變過來的，對於有經驗的交易者來說，看價格就能猜到指標的形態，指標只是價格的“外衣”，其本質還是反映價格。
指標可以作爲交易系統建立的依據，不排除有一些好的算法，使用由這些算法得出的指標更便於觀察和總結價格波動規律。但指標是沒有思想的，指標即使加上操作策略也只是解決了技術分析的出入場點的問題，還有交易系統中另外兩個更重要的問題(資金管理和心理控制)沒有解決。
誤區三交易軟件就是交易系統
市面上賣的交易軟件，一般只是技術上的交易信號，提示交易者何時買進、何時賣出。這些交易軟件嚴格來講，是一種技術指標或是指標的組合，只是表現形式可能更直觀一些，有些還做的比較花哨。
目前，通過常用的股票行情軟件，如:通達信、同花順、大智慧等，交易者己經可以自己做出交易軟件中的自動提示買賣信號的功能。只要把指標加載到行情軟件上就可以了。而且常用的行情軟件上一般也會自帶很多指標供使用者選擇，有些系統性指標均可以提示買賣點。總之，交易軟件多是指標的表現形式，沒有形成交易策略，更沒有資金管理，也談不上交易者的心理控制。
誤區四交易系統就是爲了節約時間
有些交易者之所以想用交易系統，是認爲交易系統省去了看盤時間。這種看法是有些捨本逐末了，交易系統的確能減少看盤時間，但這只是交易系統諸多優勢中的一項附加好處。比起省時省力來說，交易系統更重要的作用是爲了客觀地執行交易策略，實現穩定盈利目標。
有了交易系統，交易者不必再受盤中情緒波動的干擾，可以儘量避免衝動性交易，所有問題都應該在交易系統中有相應對策。交易者只需要按照既定的交易系統絲毫不差地執行即可。不需要在盤中思考，在盤中要做一個沒有思想的交易者。相比節約時間來說，交易系統更重要的目的是使交易者能穩定盈利。
誤區五交易系統是一個預測系統
交易系統的技術分析部分是解決進出場信號的。每一個買入賣出信號必然對應的是對未來行情的研判。一個買入信號意味着交易系統發現行情的走勢符合一個既定的特徵，這個既定的特徵表示行情傾向於向上發展。因而，交易系統認爲可以買入，但這一信號並不意味着行情將有100%的可能性發生轉變，有時候信號也會出錯。如果交易者按照這一信號大舉買入，重倉甚至滿倉操作，其風險將不能得到控制，很可能使交易者損失慘重。
對未來行情的預測功能是基於歷史數據的，它是交易系統的一部分。交易系統還有其他兩個重要的組成部分:資金管理和交易心理。這三個部分是相輔相成的，缺少任何一部分，交易系統都是殘缺的。如果只把交易系統作爲一個預測系統，不注重風險控制和執行，交易者即便有較高勝率的買賣信號，也可能最終會虧損出局。交易系統應該是一個整體，如果把它比作一部汽車的話，汽車不應只有動力系統，它還包括轉向系統、制動系統等。
誤區六交易系統就是“聖盃”
很多人認爲，交易系統可以大大提高交易的穩定性和成功率，裏面一定包含了不爲人所知的“祕訣”。交易系統就是“聖盃”嗎?尤其是一些售價很高的交易軟件，有的號稱是穩贏的交易系統，而當交易者買來後就會大失所望。事實上，交易系統只是我們交易方法、經驗、原則的集合。要想取得穩定的收益，有了交易系統可以說已經有了半個聖盃，而另一半就是一一你自己!一定要記住，完整的聖盃中最重要的是你自己。
在市場中每過一段時間就會有一些傳說流傳，比如某人做股票一年賺了200%的利潤，某人做權證一週盈利80%，某人做期貨兩天賺了50%等等。我們相信這些的確會真實的發生。因爲只要市場上有大行情，一定會有暴利的可能。但我們認爲，穩定比暴利更重要。交易系統是控制盈利和風險比的，不是來挑戰暴利的。那些財富故事往往是來的快，去的也快。我們只能“相信暴利的存在，但千萬不要奢望它發生在自己身上”。我們強調的是穩定和執行，實現複利增長才是正道。這個市場永遠不缺明星缺的是壽星。
還有一種錯誤的想法是，通過自建或者購買得到一套能賺錢的交易系統，然後就可以一勞永逸，靠它發大財了。我們說，交易系統並不是建立好了之後就永遠不變了，它的細節還是需要根據市場變化而做相應的調整，不過大的框架可以不用變，除非是交易觀念上的徹底轉變，否則不會重建交易系統。