对首次接触真正的交易系统的人来说，一般会有一些认识上的误区。
我们总结为如下几点:
误区一交易系统就是电脑程序
这种认为交易系统是电脑程序的看法，其实是指交易系统的程序化。交易系统是一整套交易计划、策略、方法。人工手动完全可以执行。如果把交易系统编成程序代码，通过电脑来执行，那么就是程序化交易。程序化交易是以系统交易为前提的。但并不是说交易系统一定要由电脑来自动执行。电脑可以代替人重复执行交易系统，电脑是比人工更有效率的执行方法而已。
交易系统的程序化是系统化交易中的更高阶段。一般是比较专业的交易者或投资机构会用到程序化交易。比如，期货中有一些短线交易系统可以非常频繁地以每秒几次的频率发出交易指令，这个速度就不是人脑和人工所能企及的了。但对于普通交易者来说，有些中长线交易系统可能会相隔很久才会发出交易信号，这就不一定需要自动交易了。
使用电脑确实可以极大地改善交易系统运行效率，可以及时地将系统制作者的思想体现出来。而且，将交易系统放到电脑上，由电脑给出各个信号，这样的信号更加客观，可以促使交易者更好地执行交易系统，避免人为情绪的波动对投资产生影响。在交易系统建立好了以后，有能力的交易者可以尝试交易系统的程序化。
误区二指标就是交易系统
在网上经常看到有人声称发现了一个如何好的指标，好像用了这个指标就能赚钱一样。首先要说的是，指标没有好坏之分，只有用的好坏之分，我们一再提到，指标只是工具，而运用工具的人才是关键。绝大多数的指标都是由价格的不同算法演变过来的，对于有经验的交易者来说，看价格就能猜到指标的形态，指标只是价格的“外衣”，其本质还是反映价格。
指标可以作为交易系统建立的依据，不排除有一些好的算法，使用由这些算法得出的指标更便于观察和总结价格波动规律。但指标是没有思想的，指标即使加上操作策略也只是解决了技术分析的出入场点的问题，还有交易系统中另外两个更重要的问题(资金管理和心理控制)没有解决。
误区三交易软件就是交易系统
市面上卖的交易软件，一般只是技术上的交易信号，提示交易者何时买进、何时卖出。这些交易软件严格来讲，是一种技术指标或是指标的组合，只是表现形式可能更直观一些，有些还做的比较花哨。
目前，通过常用的股票行情软件，如:通达信、同花顺、大智慧等，交易者己经可以自己做出交易软件中的自动提示买卖信号的功能。只要把指标加载到行情软件上就可以了。而且常用的行情软件上一般也会自带很多指标供使用者选择，有些系统性指标均可以提示买卖点。总之，交易软件多是指标的表现形式，没有形成交易策略，更没有资金管理，也谈不上交易者的心理控制。
误区四交易系统就是为了节约时间
有些交易者之所以想用交易系统，是认为交易系统省去了看盘时间。这种看法是有些舍本逐末了，交易系统的确能减少看盘时间，但这只是交易系统诸多优势中的一项附加好处。比起省时省力来说，交易系统更重要的作用是为了客观地执行交易策略，实现稳定盈利目标。
有了交易系统，交易者不必再受盘中情绪波动的干扰，可以尽量避免冲动性交易，所有问题都应该在交易系统中有相应对策。交易者只需要按照既定的交易系统丝毫不差地执行即可。不需要在盘中思考，在盘中要做一个没有思想的交易者。相比节约时间来说，交易系统更重要的目的是使交易者能稳定盈利。
误区五交易系统是一个预测系统
交易系统的技术分析部分是解决进出场信号的。每一个买入卖出信号必然对应的是对未来行情的研判。一个买入信号意味着交易系统发现行情的走势符合一个既定的特征，这个既定的特征表示行情倾向于向上发展。因而，交易系统认为可以买入，但这一信号并不意味着行情将有100%的可能性发生转变，有时候信号也会出错。如果交易者按照这一信号大举买入，重仓甚至满仓操作，其风险将不能得到控制，很可能使交易者损失惨重。
对未来行情的预测功能是基于历史数据的，它是交易系统的一部分。交易系统还有其他两个重要的组成部分:资金管理和交易心理。这三个部分是相辅相成的，缺少任何一部分，交易系统都是残缺的。如果只把交易系统作为一个预测系统，不注重风险控制和执行，交易者即便有较高胜率的买卖信号，也可能最终会亏损出局。交易系统应该是一个整体，如果把它比作一部汽车的话，汽车不应只有动力系统，它还包括转向系统、制动系统等。
误区六交易系统就是“圣杯”
很多人认为，交易系统可以大大提高交易的稳定性和成功率，里面一定包含了不为人所知的“秘诀”。交易系统就是“圣杯”吗?尤其是一些售价很高的交易软件，有的号称是稳赢的交易系统，而当交易者买来后就会大失所望。事实上，交易系统只是我们交易方法、经验、原则的集合。要想取得稳定的收益，有了交易系统可以说已经有了半个圣杯，而另一半就是一一你自己!一定要记住，完整的圣杯中最重要的是你自己。
在市场中每过一段时间就会有一些传说流传，比如某人做股票一年赚了200%的利润，某人做权证一周盈利80%，某人做期货两天赚了50%等等。我们相信这些的确会真实的发生。因为只要市场上有大行情，一定会有暴利的可能。但我们认为，稳定比暴利更重要。交易系统是控制盈利和风险比的，不是来挑战暴利的。那些财富故事往往是来的快，去的也快。我们只能“相信暴利的存在，但千万不要奢望它发生在自己身上”。我们强调的是稳定和执行，实现复利增长才是正道。这个市场永远不缺明星缺的是寿星。
还有一种错误的想法是，通过自建或者购买得到一套能赚钱的交易系统，然后就可以一劳永逸，靠它发大财了。我们说，交易系统并不是建立好了之后就永远不变了，它的细节还是需要根据市场变化而做相应的调整，不过大的框架可以不用变，除非是交易观念上的彻底转变，否则不会重建交易系统。