成本中的交易所費用與稅收在實際交易之前即已商定
交易所匹配不同經紀自營商或者電子通信網絡提交的指令並因其服務收取一定的費用。所有交易所的核心產品都是交易者想在交易所成交的買入指令存貨和賣出指令存貨。爲了吸引流動性，交易所向消耗流動性的指令收取較高的費用，而向提供流動性的指令收取較低的費用。有些交易所在此方向走得更遠，它們對提供流動的交易者進行補償，而向消耗流動性的交易者收取費用。
流動性來自未成交的限價指令，不論是低於目前賣價的買入指令，還是高於目前買價的賣出指令都能提供流動性。另一方面，市價指令會立即與交易所可獲得的最優限價指令匹配成交，從而消耗了流動性。限價指令也可能會消耗流動性，一個限價等於或高於市場賣價的買入限價指令會立即和最優可獲得限價賣出指令匹配成交，因此減少了交易所中賣出限價指令的個數。同樣，一個限價等於或低於市場買價的賣出限價指令會和市價指令一樣，立即與可獲得最優買入限價指令匹配成交。
與經紀商佣金類似，交易所費用也是在實際交易之前就商定了的。
本傑明·富蘭克林說過:“世界上沒有什麼事是確定的，除了死亡和納稅。”高頻交易所在地的有關當局會按照交易的淨收益來收稅。高頻交易產生的短期收益常常要按全額稅率來納稅，不像投資時間在一年或一年以上的交易在很多地方可以享受資本增值減稅優惠。一個經過認證的或者有相關執照的當地會計師應該能提供很多有關稅率的有用信息。適當的稅率是在交易行爲之前就確定了的。